为了提高效率，减少管理层级，便利店可以对机构进行调整，在原有职能部门的基础上专门成立冷链管理中心，将公司原来各部门中与冷链食品有关的功能单独划分出来，并增设食品安全预防与危机处理功能，以加强对冷链物流外部链和内部链运作的监督与管理。通过这些改革和重组工作，可以使便利店冷链业务更加突出、资源更加集中、专业优势得到了凝聚和加强成为冷链物流管理的组织者和推进者。
便利店将HACCP理论供应链价值分析应用于冷链业务流程分析中，只有充分挖掘和牢牢把握关键增值环节和危害环节，企业才能渗透和融入到彼此的供应链系统，保障食品的安全性，在市场竞争中发挥不可或缺、难以替代的作用。为此，便利店需要对冷链物流的全过程如进货、加工、储存、配送、门店交接等环节的实际和潜在的危害进行分析判定，对危害的严重性进行评估，并准确地预测其危险性，在此基础上制定出关键控制点的控制标准和程序，确定改正措施
